Last Order khám phá các tình huống rõ nét và có liên quan đến trongFinal Fantasy VII và các tác phẩm Compilation khác.[1] Thế giới của Final Fantasy VII, mang tên "Planet", phụ thuộc vào sự sống còn của nó trên dòng năng lượng tinh thần gọi là Lifestream.[2][3] Siêu tập đoàn Shinra cuối cùng cũng thâu tóm quyền hành và bắt đầu khai thác Lifestream thông qua lò phản ứng Mako, đang hủy hoại cả Planet.[4] Shinra sử dụng Mako như một nguồn năng lượng[5] và vận dụng sức mạnh và khả năng của tổ chức bán quân sự SOLDIER.[6] Sephiroth, được coi là thành viên mạnh nhất của SOLDIER, được phái đến để điều tra lò phản ứng Mako tại thị trấn hoang vu Nibelheim và có SOLDIER Zack và hai người lính cận vệ đi cùng, một trong số đó là Cloud.[7][8] Trong lúc ở đây, Sephiroth dành phần lớn thời gian đọc trong Biệt thự Shinra, mà trước đó đã được nhà khoa học Shinra tên là Hojo sử dụng để tiến hành các thí nghiệm. Nhờ cuốn sổ tay của Hojo, Sephiroth dần dần hiểu rõ về quá khứ của mình, cơ thể của anh được tiêm các tế bào của Jenova. Planet từng là nơi cư trú của chủng tộc Cetra (hay "Người Cổ đại"), gần như bị hủy diệt toàn bộ bởi Jenova, một dạng sống ngoài hành tinh đã đâm vào hành tinh này khoảng 2.000 năm trước và bắt đầu lây nhiễm cư dân Cetra bằng một loại vi khuẩn.[9] Khi Jenova được một nhóm nhà khoa học Shinra khai quật lên, họ đã nhầm lẫn thứ này là một người Cetra. Điều này khiến Sephiroth tin rằng anh ta cũng cùng chủng tộc với Cetra, và loài người đã phản bội tổ tiên của hắn.[10][11]